format.vim 解決か
禁則処理がうまくいっていなかった、format.vimだが、解決したようだ。
format.vim冒頭で、plugin_format_disableという変数が定義されていたら、format.vimを読み込まないようになっていた。
で、vim立ち上がりで読み込まれるファイル群のどこかで、plugin_format_disableが設定されてるようなんですね。
ということで、format.vimが読み込まれていなかったためのトラブルだったよう。
面倒だったので、「読み込まない」部分
if exists('plugin_format_disable') finish endif
をコメントアウトしてしまって、無理矢理解決。